library(tidyverse)
library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(plotly)
library(gapminder)
library(ggthemes)
library(hrbrthemes)
library(DT)
library(sf)Riqueza Aracnidos ASP
Presntación
Este documento muestra la riqueza de especies de arácnidos (clase Arachnida) en áreas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica.
Fuentes de datos:
Registros de presencia de arácnidos: Consulta al sistema mundial de información en biodiversidad (GBIF)
Polígonos de ASP: servicio WFS del Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC).
Carga de paquetes
Carga de datos
Areas Silvestres Protegidas
asp <-
st_read("ASP.gpkg", quiet = TRUE) |>
st_transform(4326) |>
st_make_valid()Registros de presencia de aracnidos
aracnidos <-
st_read(
"aracnidos.csv",
quiet = TRUE,
options = c(
"X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude",
"Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"))
st_crs(aracnidos) <- 4326Visualización de datos
Cantidad de registros de presencia por especie
registros_especie <- aracnidos |>
st_drop_geometry() |>
group_by(species) |>
summarize(cantidad_registros = n()) |>
filter(species != "") # para quitar la ilera de registros sin especie osea el vacio
grafico_barras_ggplot2 <-
registros_especie |>
arrange(desc(cantidad_registros)) |>
slice(1:10) |>
ggplot(aes(x = reorder(species, cantidad_registros), y = cantidad_registros)) +
geom_col() +
coord_flip() +
ggtitle("Cantidad de registros por especie") +
xlab("Especie") +
ylab("Cantidad de registros") +
theme_economist()
ggplotly(grafico_barras_ggplot2) |>
config(locale = 'es')Mapa de distribucion de la especie Centruroides limbatus
registros_limbatus <-
aracnidos |>
filter(species == "Centruroides limbatus")
leaflet() |>
setView(
lng = -84,
lat = 10,
zoom = 7) |>
addProviderTiles(providers$CartoDB, group = "Carto Positron") |>
addPolygons(
data = asp,
color = "darkgreen",
fillColor = "transparent",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
group = "ASP") |>
addCircleMarkers(
data = registros_limbatus,
color = "black",
radius = 4,
stroke = FALSE,
group = "Centruroides limbatus"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c("Carto Positron"),
overlayGroups = c("ASP","Centruroides limbatus")
)Mapa de riqueza de especies de aracnidos en ASP
aracnidos_union_asp <-
st_join(
x = aracnidos,
y = dplyr::select(asp, codigo),
join = st_within
)riqueza_especies_aracnidos_asp <-
aracnidos_union_asp |>
st_drop_geometry() |>
group_by(codigo) |>
summarize(riqueza_especies_aracnidos_asp = n_distinct(species, na.rm = TRUE))asp_union_riqueza <-
left_join(
x = asp,
y = dplyr::select(riqueza_especies_aracnidos_asp, codigo, riqueza_especies_aracnidos_asp),
by = "codigo"
)|>
replace_na(list(riqueza_especies_aracnidos_asp = 0))Mapa
# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <-
colorNumeric(
palette = "Reds",
domain = asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos,
na.color = "transparent"
)
# Mapa leaflet
leaflet() |>
setView(
lng = -84.19452,
lat = 9.572735,
zoom = 7) |>
addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
addProviderTiles(
providers$Esri.WorldImagery,
group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
) |>
addPolygons(
data = asp_union_riqueza,
fillColor = ~ colores_riqueza_especies(asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos),
fillOpacity = 0.8,
color = "black",
stroke = TRUE,
weight = 1.0,
popup = paste(
paste("<strong>ASP:</strong>", asp_union_riqueza$nombre_asp),
paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos),
sep = '<br/>'
),
group = "Riqueza de especies"
) |>
addScaleBar(
position = "bottomleft",
options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
) |>
addLegend(
position = "bottomleft",
pal = colores_riqueza_especies,
values = asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos,
group = "Riqueza de especies",
title = "Riqueza de especies"
) |>
addCircleMarkers(
data = aracnidos,
stroke = F,
radius = 4,
fillColor = "black",
fillOpacity = 1.0,
popup = paste(
paste0("<strong>Especie: </strong>", aracnidos$species),
paste0("<strong>Localidad: </strong>", aracnidos$locality),
paste0("<strong>Fecha: </strong>", aracnidos$eventDate),
paste0("<strong>Fuente: </strong>", aracnidos$institutionCode),
paste0("<a href='", aracnidos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
sep = '<br/>'
),
group = "Registros de presencia"
) |>
addLayersControl(
baseGroups = c(
"Mapa general (OpenStreetMap)",
"Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
),
overlayGroups = c(
"Riqueza de especies",
"Registros de presencia"
)
) |>
addResetMapButton() |>
addSearchOSM() |>
addMouseCoordinates() |>
addFullscreenControl() |>
hideGroup("Registros de presencia")