Riqueza Aracnidos ASP

Presntación

Este documento muestra la riqueza de especies de arácnidos (clase Arachnida) en áreas silvestres protegidas (ASP) de Costa Rica.

Fuentes de datos:

• Registros de presencia de arácnidos: Consulta al sistema mundial de información en biodiversidad (GBIF)

• Polígonos de ASP: servicio WFS del Sistema Nacional de Áreas de Conservación (SINAC).

Carga de paquetes

library(tidyverse)
library(sf)
library(leaflet)
library(leaflet.extras)
library(leafem)
library(plotly)
library(gapminder)
library(ggthemes)
library(hrbrthemes)
library(DT)
library(sf)

Carga de datos

Areas Silvestres Protegidas

asp <- 
  st_read("ASP.gpkg", quiet = TRUE) |>
  st_transform(4326) |>
  st_make_valid()

Registros de presencia de aracnidos

aracnidos <-
  st_read(
    "aracnidos.csv",
    quiet = TRUE,
    options = c(
      "X_POSSIBLE_NAMES=decimalLongitude", 
      "Y_POSSIBLE_NAMES=decimalLatitude"))

st_crs(aracnidos) <- 4326

Visualización de datos

Cantidad de registros de presencia por especie

registros_especie <- aracnidos |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by(species) |>
  summarize(cantidad_registros = n()) |>
  filter(species != "") # para quitar la ilera de registros sin especie osea el vacio

grafico_barras_ggplot2 <-
registros_especie |>
  arrange(desc(cantidad_registros)) |>
  slice(1:10) |>
  ggplot(aes(x = reorder(species, cantidad_registros), y = cantidad_registros)) +
  geom_col() +
  coord_flip() +
  ggtitle("Cantidad de registros por especie") +
  xlab("Especie") +
  ylab("Cantidad de registros") +
  theme_economist()

ggplotly(grafico_barras_ggplot2) |>
  config(locale = 'es')

Mapa de distribucion de la especie Centruroides limbatus

registros_limbatus <-
  aracnidos |>
  filter(species == "Centruroides limbatus")

leaflet() |>
  setView(
    lng = -84,
    lat = 10,
    zoom = 7) |>
  addProviderTiles(providers$CartoDB, group = "Carto Positron") |>
  addPolygons(
    data = asp,
    color = "darkgreen",
    fillColor = "transparent",
    stroke = TRUE,
    weight = 1.0,
    group = "ASP") |>
  addCircleMarkers(
    data = registros_limbatus,
    color = "black",
    radius = 4,
    stroke = FALSE,
    group = "Centruroides limbatus"
  ) |>
  addLayersControl(
    baseGroups = c("Carto Positron"),
    overlayGroups = c("ASP","Centruroides limbatus")
  )

Mapa de riqueza de especies de aracnidos en ASP

aracnidos_union_asp <- 
  st_join(
    x = aracnidos,
     y = dplyr::select(asp, codigo), 
    join = st_within
  )

riqueza_especies_aracnidos_asp <-
  aracnidos_union_asp |>
  st_drop_geometry() |>
  group_by(codigo) |>
  summarize(riqueza_especies_aracnidos_asp = n_distinct(species, na.rm = TRUE))

asp_union_riqueza <-
  left_join(
    x = asp,
     y = dplyr::select(riqueza_especies_aracnidos_asp, codigo, riqueza_especies_aracnidos_asp),
    by = "codigo"
  )|>
  replace_na(list(riqueza_especies_aracnidos_asp = 0))

Mapa

# Paleta de colores de riqueza de especies
colores_riqueza_especies <-
  colorNumeric(
    palette = "Reds",
    domain = asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos,
    na.color = "transparent"
  )

# Mapa leaflet
leaflet() |>
  setView(
    lng = -84.19452,
    lat = 9.572735,
    zoom = 7) |>
  addTiles(group = "Mapa general (OpenStreetMap)") |>
  addProviderTiles(
    providers$Esri.WorldImagery, 
    group = "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
  ) |> 
  addPolygons(
    data = asp_union_riqueza,
    fillColor = ~ colores_riqueza_especies(asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos),
    fillOpacity = 0.8,
    color = "black",
    stroke = TRUE,
    weight = 1.0,
    popup = paste(
      paste("<strong>ASP:</strong>", asp_union_riqueza$nombre_asp),
      paste("<strong>Riqueza de especies:</strong>", asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos),
      sep = '<br/>'
    ),
    group = "Riqueza de especies"
  ) |>
  addScaleBar(
    position = "bottomleft", 
    options = scaleBarOptions(imperial = FALSE)
  ) |>
  addLegend(
    position = "bottomleft",
    pal = colores_riqueza_especies,
    values = asp_union_riqueza$riqueza_especies_aracnidos,
    group = "Riqueza de especies",
    title = "Riqueza de especies"
  ) |>
  addCircleMarkers(
    data = aracnidos,
    stroke = F,
    radius = 4,
    fillColor = "black",
    fillOpacity = 1.0,
    popup = paste(
      paste0("<strong>Especie: </strong>", aracnidos$species),
      paste0("<strong>Localidad: </strong>", aracnidos$locality),
      paste0("<strong>Fecha: </strong>", aracnidos$eventDate),
      paste0("<strong>Fuente: </strong>", aracnidos$institutionCode),
      paste0("<a href='", aracnidos$occurrenceID, "'>Más información</a>"),
      sep = '<br/>'
    ),    
    group = "Registros de presencia"
  ) |>
  addLayersControl(
    baseGroups = c(
      "Mapa general (OpenStreetMap)", 
      "Imágenes satelitales (ESRI World Imagery)"
    ),
    overlayGroups = c(
      "Riqueza de especies",
      "Registros de presencia"
    )
  ) |>
  addResetMapButton() |>
  addSearchOSM() |>
  addMouseCoordinates() |>
  addFullscreenControl() |>
  hideGroup("Registros de presencia")